سیدحسن خمینی گفت: قید «اطلاق» برای ولایت فقیه بعد از انقلاب ایجاد شد که آن هم به خاطر موانع پیدایش حکومت است. قید اطلاق، قید مترقی ولایت فقیه است. ولایت فقیه نسبت به احکام اولیه اسلام مطلق است، نه نسبت به قانون اساسی. به نسبت احکام اولیه یعنی فقیه اگر فردا صبح احساس کرد که به نفع جامعه اسلامی است که این مسجد را خراب کند، می‌تواند این کار را انجام بدهد، ولی برخی نسبت به سایر بند‌های قانون اساسی این را بیان می‌کنند.

به گزارش «انتخاب»، حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی با بیان اینکه «مشروعیت حاکم برگرفته از رأی مردم است»، افزود: ولایت مطلقه فقیه،  اما بند اکثریت را در قانون اساسی نمی‌تواند تعطیل کند. ممکن است بنا به مصلحت بندی تعطیل شود، غیر از بند دین و اکثریت. چون اگر این دو بند را حذف کند خودش غیرمشروع می‌شود. این حرف جدیدی نیست و من بیست سال است دارم می‌گویم. این دو بند را نمی‌تواند، چون این دو بند در طول خودش است. حذف آن باعث می‌شود پارادوکسیکال خودش را نقض کند.

به نوشته جماران ، وی افزود: فقیهی که فقه دارد نمی‌تواند بگوید من علیرغم اینکه الان فقه ندارم حاکم هستم. نمی‌تواند بگوید علیرغم اینکه اکثریت ندارم می‌توانم رأی را ملغی کنم. این را هم نمی‌تواند، ولی سایر بند‌ها مثل احکام اولیه را می‌تواند. یعنی قید اطلاق در قانون اساسی در مقابل احکام اولیه است. یک مقطعی شورای نگهبان بر سر بلیت اتوبوس، قانون کار، زمین شهری و این موارد که پیش آمد، نظراتی داشت و آن‌ها می‌گفتند با این سیر و چارچوب نمی‌شود چنین یا چنان تصمیمی گرفت. همه این‌ها اشکال دارد. امام گفتند فقیه می‌تواند. گفتند در انفال نمی‌شود. حتی واژه‌هایی که به کار رفته تماماً ترمینولوژی‌های نو دارد. استفاده از واژه ابزار تولید ترمینولوژی جدید و متعلق به دوران معاصر است.  

سیدحسن خمینی در این مصاحبه که به مناسبت اکران مستند «احمد» و در سالروز درگذشت مرحوم حاج سید احمد خمینی انجام شد، گفت: من حاج احمدآقا را مشاور امام می‌دانم. هیچ وقت کار‌های مشاور متعلق به خودش نیست و متعلق به خودش هم هست. یعنی شما نمی‌توانید بگویید این کار امام و یا حاج احمدآقا است. من در این فیلم هم گفته‌ام. نه از باب اینکه کار حاج احمدآقا نیست یا هست، برای اینکه بالاخره هر مشاوری، نظرات مشاوره‌ای خودش را می‌دهد، ولی نهایتاً تصمیم‌گیر است که یا قبول می‌کند یا قبول نمی‌کند. مشاور بی‌تأثیر نیست، ولی همه چیز متعلق به کسی است که مشاوره را می‌گیرد. ورود کشور به فاز مسلحانه نتیجه‌اش شکوفا شدن جریان تحجّر است. این که نگذاشت جریان تحجّر به اوج شکوفایی برسد و بلکه سریع آن را قطع کرد، کار بزرگ امام است. یعنی اگر ایشان نبود آن زمان یک حکومت اسلامی تند بوجود می‌آمد و شاید هم اینجا نقش حاج احمدآقا خیلی پررنگ است.

او در پاسخ به سؤالی درباره تفاوت خط مشی دو برادر، سیدمصطفی و سیداحمد خمینی و تأثیر آن بر روند انقلاب اظهار داشت: تفاوت هست، اما اینکه تا چه اندازه باشد را من نمی‌دانم. یعنی حتماً حاج آقا مصطفی سنتی‌تر فکر می‌کرده، اگر نگوییم گرایشات روشنفکرانه-که واژه بی‌تعریفی است- تلقی ما این است که حاج احمدآقا به نحو جدیدتری به مسائل نگاه می‌کرده است و حتماً گرایش‌های فردی حاج آقا مصطفی بر امام تأثیر داشته است. حدس من این است که اتفاقات انقلاب به گونه‌ای شتابان و به گونه‌ای سهمگین است که اگر حاج آقا مصطفی هم بود انقلاب می‌شد، ممکن است اتفاقات دیگری می‌افتاد. من می‌توانم بگویم اگر حاج‌آقا مصطفی بود پیشنهاد پاریس را نمی‌داد، ولی شاید بدون اینکه حاج آقا مصطفی این پیشنهاد را بدهد این اتفاق می‌افتاد. یعنی کس دیگری پیشنهاد می‌داد. چون بعد از وقوع یک اتفاق خیلی مسئله راحت‌تر است. اگر می‌رفتند پاریس و اتفاقی نمی‌افتاد چه می‌شد؟ یک مرجع بزرگ تقلید که بیش از نصف جمعیت مقلد ایشان هستند وسط اروپا سرگردان می‌ماند، این هم یک ریسکی بزرگی بود، ولی به نظر من امام تصمیم قاطع گرفته بودند که تا آخر خط را بروند و احساس کرده بودند اگر در نجف بمانند شکست می‌خورند.   

وی در ادامه گفت: حاج آقا مصطفی، بنی‌صدر را قبول داشت، چون بیوتات را قبول داشتند و بنی‌صدر هم از بیوت روحانیت است. قطب‌زاده را معتقد بوده که نماز نمی‌خواند. حاج‌آقا مصطفی خیلی شریعت‌محور بوده، ولی شاید قطب‌زاده هم نماز می‌خوانده و حاج‌آقا مصطفی مطلع نبوده است. شاید اگر حاج‌آقا مصطفی در یک سال آخر قبل از پیروزی انقلاب بودند، به گونه‌ای دیگر رفتار می‌شد. البته نه به این‌گونه که این انقلاب انجام نمی‌شد. حاج آقا مصطفی با دکتر شریعتی هم خوب نبوده است، در صورتی که ابوی ما به شدت با دکتر شریعتی خوب بود. اما این‌ها به اندازه‌ای نیست و جوهره انقلاب بزرگتر از این‌هاست.

سیدحسن خمینی درباره تأکید امام در مصاحبه‌هایشان در پاریس بر نظام جمهوری تصریح کرد: واقعیت این است که اگر هر کس آن مقطع زمانی را رصد کند، هرچه امام می‌گفتند مردم قبول می‌کردند. حداکثر ۹۸ درصد رأی آری به جمهوری اسلامی می‌شد ۹۷ درصد. یعنی اگر امام همان موقع می‌گفتند خلافت اسلامی، همه می‌گفتند همان درست است. نمی‌خواهم روی درست یا غلط بودن حرف تکیه کنم، می‌خواهم واقعیت را بگویم. وقتی عکس یک نفر را در ماه دیدند و همه دیده‌اند و هر کس نمی‌دیده در چشم خودش شک می‌کرده، معنایش این بوده که هرچه این شخص می‌گوید درست است. اما زمانی ما می‌خواهیم بگوییم که در واقعیت امام چه عقیده سیاسی‌ای دارد. من معتقدم عقیده سیاسی امام و آنچه را که می‌شود به امام نسبت داد، آخرین حرفی است که ایشان گفته. آخرین حرف هم جمهوری اسلامی است، دخالت رأی مردم در مشروعیت است و دقیقاً همان معنای جمهوریت است با قید اینکه مباحث فقهی و طلبگی دارد که مسجلاً رأی اکثریت در مشروعیت حکومت دینی دخالت دارد. لغت مشروعیت را هم باید تعریف کنیم که مشروعیت دینی است.